1. Της Γενικής Διεύθυνσης Κτηνιατρικής, με το σύνολο των Διευθύνσεων, Τμημάτων και Γραφείων, που υπάγονται σε αυτή.
2. Της Γενικής Διεύθυνσης Αλιείας, με το σύνολο των Διευθύνσεων, Τμημάτων και Γραφείων, που υπάγονται σε αυτή.
3. Της Γενικής Διεύθυνσης Τροφίμων, με το σύνολο των Διευθύνσεων και Τμημάτων, που υπάγονται σε αυτή.
4. Από τη Γενική Διεύθυνση Γεωργίας:
α) της Διεύθυνσης Ζωικών Γενετικών Πόρων και Κτηνοτροφικών Εγκαταστάσεων, με το σύνολο των Τμημάτων που υπάγονται σε αυτή, β) της Διεύθυνσης Συστημάτων Εκτροφής Ζώων, με το σύνολο των Τμημάτων που υπάγονται σε αυτή, γ) της Διεύθυνσης Ζωοτροφών και Βοσκήσιμων Γαιών, με το σύνολο των Τμημάτων που υπάγονται σε αυτή.
5. Της εποπτείας του Ενιαίου Φορέα Ελέγχου Τροφίμων (Ε.Φ.Ε.Τ.).