Όπως παραδέχεται, όμως, και το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης, χρειάζεται ένα διαφορετικό θεσμικό πλαίσιο για να λειτουργήσει σωστά. Ακόμα και εκπρόσωποι εμπορικών και εξαγωγικών εταιρειών λένε στην Agrenda ότι υπάρχουν αστοχίες και ότι θα έπρεπε να εφαρμοστεί με διαφορετικό τρόπο ώστε να διασφαλίζει τον αγρότη και τον παραγωγό.
Λίγο πριν εκπνεύσει η προθεσμία για την υποβολή αιτήσεων ένταξης των εμπόρων στο Μητρώο, το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης εξέδωσε απόφαση για την παράταση της διαδικασίας, η οποία αναφέρει τα εξής:
«Για την εγγραφή στο Μητρώο, τα φυσικά ή νομικά πρόσωπα, τα οποία δραστηριοποιούνται στην Επικράτεια ως έμποροι αγροτικών προϊόντων, εφοδίων και εισροών του άρθρου 1 του ν. 3955/2011, κατά την έναρξη της εφαρμογής της παρούσας απόφασης ή προβούν σε έναρξη άσκησης του επαγγέλματος του εμπόρου μετά την έναρξη ισχύος της παρούσας και έως τις 31/07/2013, εξαιρουμένων από την υποχρέωση εγγραφής των επαγγελματιών αγροτών του τελευταίου εδαφίου της παρ. 1 του άρθρου 3 του ν. 3955/2011, υποβάλλουν ηλεκτρονικά την αίτηση εγγραφής στο Μητρώο που υπέχει και θέση υπεύθυνης δήλωσης του ν. 1599/1986 (στο εξής αίτηση – υπεύθυνη δήλωση), μέχρι τις 31/08/2013. Εφόσον κάποιο φυσικό ή νομικό πρόσωπο προβεί στην έναρξη άσκησης επαγγέλματος του εμπόρου κατά την έννοια του άρθρου 1 του ν. 3955/2011, μετά τις 31/07/2013, υποχρεούται να υποβάλει την αίτηση – υπεύθυνη δήλωση της παραγράφου αυτής μετά των απαιτούμενων δικαιολογητικών άμεσα και σε καμία περίπτωση μετά το πέραν του ενός (1) μηνός από την έναρξη άσκησης του επαγγέλματός του.
Σύμφωνα με το ΥΠΑΑΤ η δημιουργία του Μητρώου Εμπόρων Γεωργικών Προϊόντων, Εφοδίων και Εισροών απορρέει από το νόμο 3955/20-4-2011 (ΦΕΚ Α’ 89). Κύριος σκοπός του είναι η εμπέδωση της αξιοπιστίας και της ασφάλειας των σχετικών με τα αγροτικά προϊόντα συναλλαγών, γεγονός που εναρμονίζεται απόλυτα με την γενική - εθνική και κοινοτική - τάση για την διαφάνεια, την πιστοποίηση και την αξιολόγηση των εμπλεκομένων στη διακίνηση προϊόντων του αγροτικού τομέα.
