Το χειμερινό κλάδεμα έχει άμεση σχέση με τις σπουδαιότερες ασθένειες του ξύλου (Ευτυπίωση, Ίσκα) που μπορούν να ζημιώσουν σοβαρά τα αμπέλια, οπότε και θα πρέπει ο αμπελουργός να λαμβάνει υπόψη του τα παρακάτω:
Όταν το κλάδεμα γίνεται νωρίς το χειμώνα αυξάνεται ο κίνδυνος προσβολών από μύκητες του ξύλου. Η εφαρμογή του κλαδέματος στο τέλος του χειμώνα-αρχές της άνοιξης ελαχιστοποιεί τους κινδύνους μόλυνσης των τομών. Το κλάδεμα μπορεί να πραγματοποιείται ακόμη και την περίοδο που δακρύζει το αμπέλι, χωρίς να υπάρχει κανένας κίνδυνος για το αμπέλι, λόγω της επάρκειας της εδαφικής υγρασίας που υπάρχει τα δύο τελευταία χρόνια, ενώ η δακρύρροια εμποδίζει την είσοδο του μολύσματος στην πληγή.
Οι μεγάλες τομές του κλαδέματος αυξάνουν τις πιθανότητες μόλυνσης και αν δεν μπορούν να αποφευχθούν, να γίνονται όσο το δυνατόν λιγότερες, αργά το χειμώνα ή νωρίς την άνοιξη. Επίσης συνίσταται η επάλειψη τον τομών με ειδικό σκεύασμα (μυκητοκτόνο ή άλλο υλικό που εμποδίζει την είσοδο του μολύσματος) ή με πάστα χαλκούχου σκευάσματος.
Ο υγρός καιρός ευνοεί τις μολύνσεις. Το κλάδεμα να γίνεται με ξηρό και όχι με βροχερό καιρό. Αν βρέξει κατά το κλάδεμα, αυτό να διακόπτεται και να επαναλαμβάνεται τρεις ημέρες τουλάχιστον μετά το τέλος της βροχής.
Ορισμένες ποικιλίες (π.χ. Κάρντιναλ, Σουλτανίνα) είναι περισσότερο ευαίσθητες στους μύκητες του ξύλου και οι παραγωγοί θα πρέπει να είναι ιδιαίτερα προσεκτικοί. Αντίθετα άλλες ποικιλίες όπως το Μοσχάτο Αμβούργου είναι πιο ανθεκτικές.
Τα υπολείμματα του κλαδέματος (π.χ. κεφαλές, βραχίονες κλπ) καθώς επίσης και τα αποξηραμένα από τις ασθένειες του ξύλου πρέμνα θα πρέπει να απομακρύνονται από τον αμπελώνα και να καίγονται. Το μέτρο έχει ιδιαίτερη σημασία για τις ευαίσθητες ποικιλίες.
Όταν κλαδεύουμε και υποψιαζόμαστε ή γνωρίζουμε τα ασθενή πρέμνα ή αντιληφθούμε κλαδεύοντας ότι το πρέμνο είναι άρρωστο (από μεταχρωματισμούς στο παλαιό ξύλο) καθαρίζουμε το ξύλο ώσπου να φθάσουμε σε καθαρό και υγιές ξύλο.
Για την προστασία των τομών από τους μύκητες του συμπλόκου της Ίσκας, αλλά και από άλλους μύκητες του ξύλου, συνιστάται μετά το κλάδεμα ψεκασμός με χαλκούχο σκεύασμα (π.χ. βορδιγάλειο πολτό σε αναλογία 3-5%) όταν τα φυτά βρίσκονται ακόμη σε λήθαργο. Πρόσφατα ανακλήθηκε η χρήση του μπενομύλ, ενώ από πολλά χρόνια έχει απαγορευτεί η χρήση σκευασμάτων όπως τα DNOC (Δινιτροορθροκρεζόλες) και Selinon (Αρσενικώδες Νάτριο). Το χαλκούχο σκεύασμα να συνοδεύεται από παραφινέλαιο-θερινό πολτό και εντομοκτόνο.
Τέλος συστήνεται επέμβαση με βρέξιμο θειάφι σε αναλογία 1% λίγο πριν «φουσκώσουν» τα μάτια. Ο ψεκασμός αυτός έχει ευεργετική δράση εναντίον του Ωϊδίου, της Φόμοψης και των ακάρεων (ερίνωση, ακαρίαση).
